Allo scopo di preservare la natura contrattuale del fondo e garantire agli associati affidabilità e trasparenza, l'amministrazione del fondo è affidata ad organismi che hanno una composizione paritetica.
I rappresentanti sono eletti per metà da liste appartenenti alle associazioni sindacali e per metà ad alle aziende associate.
Gli organismi sociali di FOPEN sono:                                                                                                                                                                                        

1. L'Assemblea dei delegati organo di indirizzo generale del Fondo (70 delegati di cui 35 di parte aziendale e 35 di parte sindacale);

2.Il Consiglio d' Amministrazione organo di gestione di FOPEN (12 rappresentanti di cui 6 di parte aziendale e 6 di parte sindacale);                         

3.Il Collegio dei Sindaci , organo di controllo interno del Fondo (4 rappresentanti di cui 2 di parte aziendale e 2 di parte sindacale);                                          

La Struttura del Fondo  è costituita invece da un direttore responsabile e, attualmente, cinque dipendenti.